Thứ nhất: Về đối tượng không chịu thuế Giá trị gia tăng. Tại các Thông tư hướng dẫn về thuế Giá trị gia tăng trước đây đã có quy định: hàng hoá, dịch vụ do các tổ chức, cá nhân nước ngoài cung cấp cho doanh nghiệp chế xuất thuộc đối tượng không chịu thuế Giá trị gia tăng. Tại Thông tư 30, nội dung này được hướng dẫn lại rõ ràng hơn, khái quát hoá thành quy định chung đối với khu phi thuế quan.

Thứ hai: Hướng dẫn bổ sung hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho tiêu dùng cá nhân trong doanh nghiệp chế xuất không được hưởng thuế suất thuế Giá trị gia tăng 0%.

Thông tư 32 hướng dẫn dịch vụ sử dụng cho tiêu dùng cá nhân trong doanh nghiệp chế xuất không được áp dụng thuế suất 0% nhưng không hướng dẫn tiêu chí xác định dịch vụ sử dụng cho tiêu dùng cá nhân mà chỉ nêu một số ví dụ như dịch vụ đưa đón vận chuyển công nhân, cung cấp suất ăn cho công nhân của doanh nghiệp chế xuất... Do đó, tại Thông tư 30 đã quy định rõ tiêu chí để xác định hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho tiêu dùng cá nhân trong doanh nghiệp chế xuất không được áp dụng thuế suất 0%, cụ thể: hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho tiêu dùng cá nhân trong doanh nghiệp chế xuất được hiểu là hàng hoá, dịch vụ do cá nhân tự bỏ tiền phục vụ nhu cầu tiêu dùng.

Thứ ba: Về hóa đơn, chứng từ đối với khoản tiền tài trợ.

Thông tư 32 quy định các cơ sở kinh doanh nhận tiền tài trợ để thực hiện các dịch vụ quảng cáo, tiếp thị, bảo hành, hỗ trợ cho việc kinh doanh bán sản phẩm thì phải lập hóa đơn Giá trị gia tăng, tính và nộp thuế Giá trị gia tăng trên tiền nhận tài trợ. Trường hợp nhận tiền tài trợ không liên quan đến việc bán sản phẩm thì không phải lập. Việc quy định như vậy rất khó thực hiện khi phải xác định khoản tiền nào có liên quan đến hoạt động kinh doanh, khoản tiền nào không để sử dụng chứng từ phù hợp. Do đó, Thông tư 30 thống nhất cách sử dụng chứng từ đối với khoản tiền tài trợ và phù hợp với chuẩn mực kế toán, cụ thể: "đối với cơ sở kinh doanh nhận tiền tài trợ của các cơ sở kinh doanh khác thì khi nhận tiền cơ sở kinh doanh lập chứng từ thu và xác định là khoản thu nhập khác để kê khai, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định.

Đối với cơ sở kinh doanh chi tiền tài trợ căn cứ mục đích tài trợ đã được ghi trong hợp đồng tài trợ để lập chứng từ chi tiền.

Thứ tư: Thông tư 30 cho phép khấu trừ toàn bộ thuế Giá trị gia tăng đầu vào của tài sản cố định phục vụ cho người lao động của cơ sở kinh doanh.

Thứ năm: Bãi bỏ quy định về tính thuế Giá trị gia tăng đầu ra đối với hàng hóa, dịch vụ dùng để khuyến mãi, quảng cáo.

Thứ sáu: Thông tư 30 đã bãi bỏ quy định có tờ khai hải quan đối với cơ sở kinh doanh cung ứng hàng hoá là văn phòng phẩm, hàng hoá phục vụ cho sinh hoạt hàng ngày của doanh nghiệp chế xuất.