Về việc xử phạt nộp chậm tiền thuế, Tổng cục Thuế có công văn 4418 hướng dẫn:

Căn cứ điểm 3, phần A, mục II, phần Ba, Quy trình quản lý thu nợ thuế ban hành kèm theo Quyết định 1123/QĐ-TCT ngày 24-10-2005 của Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, việc tính phạt nộp chậm và ban hành quyết định phạt nộp chậm hàng tháng được căn cứ trên các khoản "nợ thông thường". Riêng đối với những khoản nợ thuộc nhóm "nợ chờ xử lý" và "nợ khó thu" thì tạm thời chưa tính và chưa ban hành quyết định phạt nộp chậm, đối với một số trường hợp nợ khác, xử lý như sau:

- Các khoản nợ cơ quan Thuế đang áp dụng biện pháp ngừng bán hoá đơn hoặc tạm đình chỉ sử dụng hoá đơn là các khoản nợ thông thường, nhưng đối tượng cố tình trây ì, không nộp số tiền thuế nợ vào NSNN, vì vậy phải được tính phạt nộp chậm theo đúng quy định. Trường hợp đã quá thời hạn tạm đình chỉ sử dụng hoá đơn mà các đối tượng nộp thuế vẫn không nộp hết số tiền thuế còn nợ vào NSNN thì cơ quan Thuế xem xét lại các căn cứ để tiến hành phân loại lại. Nếu sau khi phân loại, các khoản nợ này thuộc nhóm "nợ khó thu" thì tạm thời không tính phạt nộp chậm; nếu thuộc nhóm "nợ thông thường" thì cơ quan Thuế vẫn thực hiện phạt nộp chậm tiền thuế và tiến hành áp dụng các biện pháp thu nợ khác để thu đủ số tiền thuế còn nợ vào NSNN.

- Đối với các đối tượng nộp thuế xin tạm nghỉ kinh doanh, hoặc đã được các cơ quan Nhà nước có thẩm quyền có thông báo bỏ trốn, mất tích nhưng sau đó tái hoạt động trở lại thì cơ quan Thuế phải tiến hành xác lập lại căn cứ để tiến hành phân loại lại các khoản nợ của đối tượng nộp thuế. Nếu thuộc nhóm "nợ thông thường" thì phải tiến hành tính phạt và ban hành quyết định phạt nộp chậm, kể cả trong thời gian được xác định tạm nghỉ kinh doanh, bỏ trốn, mất tích trước đây chưa được cơ quan Thuế tính phạt.

- Đối với đối tượng nộp thuế có khó khăn về tài chính, nguyên nhân do sản xuất kinh doanh bị lỗ, các đối tượng này có công văn đề nghị cơ quan Thuế xem xét cho khoanh nợ và không tính phạt nộp chậm thì cơ quan Thuế cũng phải xác lập các căn cứ để tiến hành phân loại những khoản nợ này vào nhóm nợ phù hợp theo hướng dẫn của công văn 2735/TCT-BCC ngày 2-8-2006. Nếu thuộc nhóm "nợ chờ xử lý" hoặc nhóm "nợ khó thu" thì tạm thời chưa tính phạt nộp chậm, Nếu không có cơ sở để phân loại và 2 nhóm nợ trên thì phải tính phạt nộp chậm theo đúng quy định về các khoản "nợ thông thường".