Công văn số 1183/TCT-CS ngày 24/3/2008 của Tổng cục Thuế hướng dẫn về việc xử phạt vi phạm hành chính, như sau:
Tại khoản 4, Điều 3 Pháp lệnh xử lý vi phạm hành chính quy định: “Một hành vi vi phạm hành chính chỉ bị xử phạt hành chính một lần”.
Tại khoản 3, Điều 2 Nghị định số 98/2007/NĐ-CP ngày 7/6/2007 của Chính phủ quy định về xử lý vi phạm pháp luật về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế quy định: “Một hành vi vi phạm pháp luật về thuế chỉ bị xử phạt một lần, cụ thể như sau:
a) Một hành vi vi phạm pháp luật về thuế đã được người có thẩm quyền ra quyết định xử phạt hoặc đã lập biên bản để xử phạt thì không được lập biên bản, ra quyết định xử phạt lần thứ hai đối với hành vi đó”.
Trường hợp cơ sở kinh doanh ghi hóa đơn liên 1 và liên 2 chênh lệch dẫn đến trốn thuế và Chi cục thuế đã lập biên bản vi phạm và quyết định xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi trốn thuế thì không xử phạt hành chính về hóa đơn.